Des trois niveaux de Watsu, le Watsu 2 apparaît comme le plus complexe et technique et comme celui où l’on perçoit le mieux la filiation entre le shiatsu et le Watsu.
Pour suivre le cours de Watsu 2, il faut maîtriser la séquence du Watsu 1, c’est-à-dire avoir validé le cours de Watsu 1 puis donné des séances à des proches.
En effet, le cours de Watsu 2 vise à élargir le flot du Watsu 1. Dans chaque position, des mouvements plus techniques et des étirements plus puissants sont ajoutés. Par ailleurs, les étudiants abordent l’étude des méridiens et des points du shiatsu qui peuvent être travaillés pendant une séance de Watsu, en fonction de la créativité du donneur et des besoins du receveur.
Il faut ensuite beaucoup pratiquer pour assimiler les apports du Watsu 2. S'il veut devenir praticien, l’étudiant doit enfin donner une séance à un instructeur de Watsu afin de démontrer qu’il maîtrise la séquence du Watsu 2.